Die vier Schatzkristalle sind in der Handlung von Final Fantasy IX vier heilige Reliquien, die einst von den Espern geschaffen wurden und denen die Seele der Bestia Alexander innewohnt. Im Inventar werden sie unter der Rubrik Wichtige Gegenstände aufbewahrt. Sie werden zu fortgeschrittener Zeit in der Handlung von Garnet und Eiko getragen. Aus einem der Schätze, dem Memoirenring, geht folgendes hervor:
 
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Memoirenring; 1 von 4 aufgeteilten Schatzkristallen; Hat großen Wert für Eiko; "Zu...Schut...andrias"; Schrift einer alten Hochkultur; |  
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Mit ein wenig Fantasie kann man aus dem Satzfetzen folgenden Satz bilden: "Zum Schutze Alexandrias".
Die Esper könnten die Schatzkristalle erschaffen und in früheren Zeiten in Alexandria gelebt haben. Auf beides deutet die Inschrift bei der Bestia Alexander in den heiligen Wandgemälden in Madain Sari hin. Weiterhin lässt die Inschrift auf eine fehlerhafte Beschwörung Alexanders vermuten, ähnlich wie bei Leviathan, und erklärt, dass der Schatzkristall in Madain Sari daran erinnern soll. Als Reaktion auf diese Beschwörung wurden die Schatzkristalle gevierteilt und an verschiedene Orte gebracht, um eine Wiederholung der Katastrophe zu verhinden.
Silberkette[]
Die Silberkette, welche Garnet um den Hals trägt.
Die Silberkette ist der erste Schatzkristall, der in Final Fantasy IX auftaucht. Er ähnelt optisch der Drachenkralle. Er befindet sich zu Beginn des Spiels im Besitz der königlichen Familie Alexandrias und ist der Staatsschatz des Reiches. Bei ihrer Flucht aus dem Schloss entwendet Prinzessin Garnet den Schatz und trägt ihn immer bei sich. Als Königin Brane davon erfährt, ordnet sie an, dass überall nach der Prinzessin und der Silberkette gesucht werden soll. Diese benutzt den Staatsschatz indes, um sich im Nachbarreich Lindblum zu identifizieren.
Später werden Lani und Rotschopf darauf angesetzt die Silberkette wieder zu Königin Brane zu bringen. Dies schlägt jedoch fehlt und so behält die Prinzessin die Kette. Nach Königin Branes Tod, wird Alexandria von Kuja und der Bestia Bahamut attackiert und Garnet verwendet die Silberkette zusammen mit Eiko und den restlichen Schatzkristallen, um Alexander zu beschwören und so ihr Volk und ihr Reich zu beschützen. Ein letztes Mal taucht die Silberkette im Abspann des Spiels auf. Dort verliert Garnet sie und zögert kurz, um sie eventuell aufzuheben. Jedoch wird sie sich bewusst, dass sie diese Kraft nicht braucht und läuft zu Zidane.
Drachenkralle[]
Die Drachenkralle ist der zweite erwähnte Schatzkristall und befindet sich in Lindblum. Er ist ebenso wie die Silberkette der Staatsschatz und ähnelt dieser außerdem stark. Die Drachenkralle fällt Königin Brane in die Hände, als diese das Großherzogtum Lindblum attackiert und als Bedingung für die Kapitulation, die Herausgabe des Schatzes fordert. Einige Zeit danach gelingt es der Gruppe die Drachenkralle an sich zu nehmen und mit ihr Alexander zu beschwören.
Memoirenring[]
Der Memoirenring ist der letzte Schatzkristall und wird seit jeher von den Espern in Madain Sari verwahrt. Eiko, als letzte Einwohnerin von Madain Sari behütet ihn, während der Handlung des Spiels. Als sie auf Zidane und dessen Freunde Garnet und Vivi trifft, beschließt sie mit ihnen zu reisen und früher als geplant das Dorf zu verlassen. Kurz zuvor versucht Lani den Schatz zu stehlen, scheitert dabei jedoch, da Rotschopf ihr in die Quere kommt. Eiko trägt den Memoirenring stets bei sich und beschwört damit Alexander, um Garnets Heimat zu schützen.
Wüstenstern[]
Der Wüstenstern ist der dritte Schatzkristall, den man im Spiel entdeckt. Er befindet sich zunächst in Cleyra und befähigt das dort lebende Volk dazu einen Sandwirbelsturm zu kontrollieren, der ihre Heimat vor Feinden schützen soll. Dazu wurde er an einer Harfe angebracht, die von einer Tempeldienerin gezupft wird. Im Laufe des Spiels wird er jedoch bei einem Angriff der alexandrischen Armee von Generälin Beatrix gestohlen. Später gelingt es den Protagonisten den Wüstenstern zu nutzen, um Alexandria vor einem Angriff Bahamuts zu schützen.